通信制卒だからという事を理由に直接的に進学や就職で不利になる事はありません。
本校通信制課程を卒業した場合、「鹿児島実業高等学校　普通科卒業」の資格が得られます。卒業証書は全日制と同じものですし卒業証明書に通信制の文字はありません。履歴書にも鹿実の普通科を卒業したことのみを記入しますので書類上は全日制と通信制は同様に扱われます。
受験勉強や面接練習など事前の準備に関して学校で行える時間が少ない点が全日制と比べて不利であると言えるかもしれません。